Pada setiap awal tahun ajaran baru, Pondok Pesantren Madinatunnajah selalu mengadakan kegiatan Usbu’utta’aruf (Pekan Perkenalan). Program ini dimaksudkan untuk mengenalkan A sampai Z tentang pesantren kepada seluruh keluarga pondok (kyai, ustadz, dan tentu saja santri). Begitu pentingnya arti kegiatan ini, hingga mengharuskan pimpinan pondok untuk mengerahkan segala daya dan upayanya demi tercapainya tujuan program ini, yaitu share of value dalam rangka membangun integritas santri, guru, dan kyai terhadap nilai, jiwa, filsafat hidup, idealisme, dan sistem pesantren Madinatunnajah.
Salah satu kegiatan penting dalam Pekan Perkenalan adalah Apel Tahunan. Dalam apel ini, seluruh elemen pesantren berkumpul di lapangan dengan tertib. Melalui Apel Tahunan, santri (khususnya santri baru) mendapatkan gambaran umum tentang pesantrennya. Segala dinamika kehidupan kampus dikemas melalui penampilan-penampilan yang atraktif, kreatif, dan edukatif. Salah satunya adalah pengibaran bendera merah putih yang menjadi kebanggaan tersendiri bagi personilnya. Sebagaimana Paskibra dalam upacara detik-detik proklamasi, pasukan pengibar bendera dalam Apel Tahunan di Pesantren Madinatunnajah Kalimukt adalah santri/santriwati pilihan. Mereka harus memiliki fisik yang prima, mental yang kuat, teamwork capability, berdisiplin, dan leadership skill mumpuni. Spesifikasi inilah yang pada gilirannya nanti akan menjadikan mereka sebagai seorang mujahid/ah yang mau berjuang dan memperjuangkan, dan menjadi faktor X kesuksesan para imamnya.
Mendapat instruksi dari pemerintah agar sekolah melaksanakan Ujian Nasional Berbasis Komputer (UNBK), pihak SMA Madinatunnajah menyambut baik rencana dan instruksi itu.